Durch Beschluss des Präsidiums werden Arbeitsgemeinschaften (AGs) im Bund eingerichtet, in denen Bundeswerke, Einrichtungen und sonstige Werke im Bund in einer AG gesammelt werden. Das Ziel der Sammlung ist eine verbindliche Zusammenarbeit und dauerhafte Integration.

Dies gilt insbesondere für neu in den Bund aufzunehmende oder im Bund entstehende Einrichtungen und Werke. Lassen sich diese noch nicht einer spezifischen AG zuordnen, werden sie bis zur besseren Zuordnung in eine verwandte AG integriert.

Zur Zeit gibt es zwei Arbeitsgemeinschaften:

AfW - Arbeitsgemeinschaft für Weltmission

AIG - Arbeitsgemeinschaft internationaler Gemeinden