Mit der wachsenden Zahl der Gemein­den und Mitarbeiter wurden ab 1952 Regionen gebildet, um Zusammen­arbeit, Gemeinschaft und Inte­gration gezielt zu fördern. Diese Regionen sind in der Regel identisch mit den geo­graphischen Bundes­ländern. Historisch gewachsene Ausnahmen finden sich in der Region „Hamburg-­Nordheide“ oder auch in Niedersachsen­ mit den Regionen „Weser-Ems“ und „Niedersachsen-Ost“. Damit sich Gemeinden gesund entwickeln und multiplizieren können, werden Beziehungsnetzwerke in den Regionen gefördert.

Die 1988 und 2000 bzw. 2008 dem Bund beigetretenen Gemeinde­verbände der „Volks­mission entschiedener Christen e.V.“ (VMeC) und der „Gemeinde der Christen Ecclesia e.V.“ (ECC) werden in ihrer Funktion wie Regionen behandelt, sind aber geo­grafisch bundesweit vorhanden.

Regionen haben im BFP keine verfassungs­rechtliche Funktion – für die innere Struktur des Bundes sind sie aber von großer Bedeutung. So sind in ihnen alle Gemeinden, Werke und persönlichen Mitglieder ein­gebunden.

Gemeindl­iche und personelle Anliegen werden im überschau­baren Rahmen der Regionen und Gemeinde­verbände vorgetragen und – wenn möglich – dort geregelt. Regionen und Verbände entsenden ihre Vertreter ins Präsidium des BFP. Die Verbindung zu den über­gemeindlich arbeitenden Gremien wird durch Delegierte  der Gemein­den, Regionen und Verbände in  den Träger­kreisen von Bundes­werken und Ausschüssen wahrgenommen.